Для создания "ярлыка" к загрузочной флешке для VBox'a необходимо выполнить команду:
"<путь к вашему виртуалбоксу>\VBoxManage.exe" internalcommands createrawvmdk -filename C:\FlashUSB.vmdk -rawdisk \\.\PhysicalDrive2 -register
где PhysicalDrive2 - вместо цифры 2 подставляете тот номер, под которым зарегистрирована флешка в системе, этот номер можно узнать (для windows) так: Панель управления->Администрирование->Управление компьютером->Вкладка Управление Дисками
Результат работы - на диске с создастся файл FlashUSB.vmdk. В свойствах виртуальной машины добавляем жесткий диск FlashUSB.vmdk.